ネットショップの会計ソフトどれがいい？料金・連携を比較してオススメをご紹介

ネットショップを運営およびこれから開業する方に向けて、おすすめしたいオンライン会計ソフトをご紹介します。日々の注文や売上に関するデータを自動で連携（入力）したい方は、こちらの記事を参考にしてみてください。

ＥＣとオンライン会計ソフトの連携を比較

２つのポイント（料金・連携）を比較してみよう

無料体験などで、機能をためすまえに確認してほしいポイントは２つ。１つは料金これは言うまでもありません。もう１つはＥＣカートとの連携です、データ入力を連携して自動化することで作業効率を大幅にアップできます。

サービス名称	初期費用	月額費用	ＥＣ関連データ連携
freee会計 （フリー）	0円	個人事業主向け スターター：980円 スタンダード：1,980円 プレミアム：3,316円 法人向け ミニマム：1,980円 ベーシック：3,980円 プロフェッショナル：39,800円 ※全て年額プラン料金、税抜き価格	ネットショップ作成ツール STORES、BASE、Square、makeshop、Shopify ネットショップ関連サービス Amazon（出品）、Yahoo!ショッピング（出店）、Stripe、ネクストエンジン など 参照元
初めてでも簡単に使える、全自動のクラウド会計ソフト。スマホ・タブレットの専用アプリも提供している。 公式サイトを見る
ＭＦクラウド会計 （マネーフォワード）	0円	小規模事業者向け スモールビジネス：2,980円 中小企業向け ビジネス：4,980円 中堅〜上場企業向け クラウド会計プラス：お見積り ※全て年額プラン料金、税抜き価格	ネットショップ作成ツール BASE、Square、カラーミーショップ ネットショップ関連サービス 楽天市場（出店）、Amazon（出品）、Yahoo!ショッピング（出店）、Yahoo！かんたん決済（ヤフオク！等）、ラクマ、Qoo10、Stripe、PayPal など
Amazonなど、3,000以上のサービスとの連携に対応。人口知能・機械学習搭載で使うほど、賢く便利に使える。 公式サイトを見る
弥生会計オンライン	0円	白色申告 ＼ずっと無料／ フリープラン：0円 ベーシックプラン：4,600円 トータルプラン：8,400円 青色申告 ＼初年度無料／ セルフ：0円 ベーシック：6,900円 トータル：12,000円 ※全て初年度の料金、税抜き価格	とくになし
クラウド申告ソフトウェアシェア第一位のサービス。白色申告は、初期費用、月額０円から利用できます。 公式サイトを見る 青色申告はこちら
サービス名称	初期費用	月額費用	ＥＣ関連データ連携

ＥＣカートと連携が充実したサービスはどれですか？

上記の表を見ても分かる通り、「freee会計※一番豊富」、「マネーフォワード クラウド会計」は、ＥＣカートおよびネット通販サイト関連サービスとのデータ連携が充実しています。※最新情報は公式サイトで確認してください。

初期費用、月額無料で使えるサービスはどれですか？

「弥生会計オンライン」の、白色申告（フリープラン）は、初期費用に加えて月額も0円で利用できます。無料で会計ソフトを導入したい方は、こちらのサービスからはじめましょう。

ただし、初年度以降に関しては、弥生会計オンラインは他社サービスよりも逆に高くなるので注意してください。二年目以降の利用まで考えるなら、料金的には他の２つのサービスの方がお得です。

今時店長

まだＥＣカートを決めていない方は、freee会計を選択しておけば、一番連携できるＥＣ関連のサービスも多いという感じです。あとは、実際に無料体験をして機能面などもチェックしてみてください。

主要ＥＣカートと会計ソフトの連携まとめ

ＥＣカートと連携できる会計ソフト

国内主要ＥＣカートと、公式な機能として注文や売上データなどを自動連携できる会計ソフトをまとめました。

サービス名称	初期費用	月額費用	連携可能 会計ソフト
STORES （ストアーズ）	0円	定番 フリープラン 0円 基本機能を標準搭載 ベーシックプラン 年払い2,980円(税込) 6ヶ月払い 3,240円 (税込) 月払い 3,480円 (税込) 月商15万円以上から推奨 参照元	freee
【無料】初心者でも一番簡単に、最短でネットショップが作れるシンプルなECカート 公式サイトを見る
BASE （ベイス）	0円	定番 スタンダードプラン 0円 基本機能を全搭載 グロースプラン 年払い16,580円(税込) 月払い 19,980円 (税込) 月商50万円以上から推奨 参照元	freee ＭＦクラウド会計
【人気】ネットショップ開設実績7年連続第一位、無料から使える多機能なECカート 公式サイトを見る
Square オンラインビジネス （スクエア）	0円	定番 フリー 0円 基本機能を標準搭載 プラス 年払い3,375円(税込) 月払い 3,780円 (税込) プレミアム 年払い9,180円(税込) 月払い 10,125円 (税込) 参照元	freee ＭＦクラウド会計 Square POSレジを介して、実店舗との在庫連携も可能。
【注目】無料版の決済手数料は驚異の3.6％、実店舗と在庫連携できるECカート 公式サイトを見る
カラーミーショップ	フリープラン 0円 レギュラープランラージプラン 3,300円(税込) プレミアムプラン 22,000円(税込)	フリープラン 0円 容量：200M｜画像：4枚/商品 レギュラープラン 基本機能を全搭載 4,950円(税込) 容量：5G｜画像：50枚/商品 人気 ラージプラン 9,595円(税込) 容量：100G｜画像：50枚/商品 プレミアムプラン 39,600円(税込) 専任ECアドバイサー完備 容量：100G｜画像：50枚/商品 参照元	ＭＦクラウド会計
【定番】国内40,000店舗以上が利用する、デザインの自由度の高いECカート 公式サイトを見る
Shopify （ショッピファイ）	0円 ※全プラン共通	人気 Basic 個人事業主向け 年払い3,650円 月払い 4,850円 Shopify 小規模チーム向け 年払い10,100円 月払い 13,500円 Advanced 年払い44,000円 月払い 58,500円 Plus 年払い2,300＄ 3年契約 参照元	freee アプリストア
【世界一位】世界175カ国170万サイト以上が利用する、上級者も納得のECカート 公式サイトを見る
makeshop （メイクショップ）	11,000円(税込) ※全プラン共通	プレミアムプラン 基本機能を全搭載 ※2025年4月1日に、プラン料金の改変があります。 ⏷ 2025年3月31日まで 1ヶ月契約の場合 12,100円(税込) 6ヶ月契約：11,495円 (税込) 12ヶ月契約：10,890円 (税込) 24ヶ月契約：10,285円 (税込) ⏷ 2025年4月1日以降 1ヶ月契約の場合 13,750円(税込) 6ヶ月契約：13,063円 (税込) 12ヶ月契約：12,375円 (税込) 24ヶ月契約：11,688円 (税込) エンタープライズ 55,000円～(税込) カスタマイズ対応プラン 参照元	freee 参照元
【ナンバーワン】12年連続で流通総額第一位を獲得する正統派ＥＣカート 公式サイトを見る
サービス名称	初期費用	月額費用	商品登録数
おちゃのこネット	0円	スタートアップ 0円 人気 ベーシック 基本機能を全搭載 年払い3,960円(税込) 月払い 4,400円 (税込) アドバンスド 年払い13,200円(税込) 月払い 13,860円 (税込) ※全体容量は全プラン無制限 参照元	とくになし
【ステップメール搭載】延べ90,000店以上が利用する初心者向け多機能カート 公式サイトを見る
イージーマイショップ	無料版 0円 スタンダードプロフェッショナルカートプラン 3,300円(税込)	無料版 0円 容量：200M｜画像：50枚/品 人気 スタンダード 基本機能を全搭載 年払い3,900円(税込) 3ヶ月払い 4,230円 (税込) 容量：3GB｜画像：50枚/品 プロフェッショナル 年払い8,700円(税込) 3ヶ月払い 9,670円 (税込) 容量：50GB｜画像：50枚/品 カートプラン 外部カート 専用プラン 年払い2,900円(税込) 3ヶ月払い 3,120円 (税込) 容量：1GB｜画像：1枚/品 参照元	とくになし
【機能秀逸】セット割引・オーダーメイド販売・外部カートが強い 公式サイトを見る
ペライチ	0円	フリープラン 0円 ※広告付き ※累計1万PVで非公開 ライトプラン 年契約1,465円(税込) 月契約 1,628円(税込) レギュラープラン 基本機能を搭載 年契約2,950円(税込) 月契約 3,278円(税込) 人気 ビジネスプラン 予約・決済・メルマガ搭載 年契約3,940円(税込) 月契約 4,378円(税込) プロフェッショナル 年契約6,910円(税込) 月契約 7,678円(税込) 参照元	とくになし
【テンプレ最高】売れるテンプレートが豊富なホームページ作成ツール 公式サイトを見る
ジンドゥー （Jimdo）	0円	※オンライン決済はクリエイターのみ対応 AI ビルダー（プラン） PLAY：0円 ※広告付き 人気 個人利用に最適 START：990円 GROW：1,590円 クリエイター（プラン） FREE：0円 ※広告付き PRO：1,200円 人気 企業・個人事業向け BUSINESS：2,600円 SEO PLUS：4,250円 PLATINUM：5,330円 ※全て税込価格 ※全て１年契約時の料金 参照元	とくになし
【初心者向け】国内最大級200万人が利用するホームページ作成サービス 公式サイトを見る
Wix （ウィックス）	0円	※オンライン決済はスモールビジネスプラン以上から対応 無料版 0円 ※広告付き パーソナル 1年契約1,300円(税抜) 月契約 1,900円 (税抜) スモールビジネス 個人事業主向け 1年契約2,300円(税抜) 月契約 2,700円 (税抜) 人気 ビジネス 1年契約2,700円(税抜) 月契約 3,100円 (税抜) ビジネスプライム 1年契約13,500円(税抜) 月契約 14,300円 (税抜) 参照元
【世界190カ国】WEB制作の世界をリードする本格的なホームページ作成ツール 公式サイトを見る
Cafe24 （カフェ２４）	0円	0円
【越境ＥＣ】１アカウント９言語１５サイト作れる越境ＥＣカート 公式サイトを見る
らくうるカート	ライト 3,300円(税込) レギュラー 5,500円(税込) アドバンス 11,000円(税込)	ライト 3,960円/年(税込) 月あたり330円 (税込) 人気 レギュラー 基本機能を全搭載 39,600円/年(税込) 月あたり3,300円 (税込) アドバンス 171,600円/年(税込) 月あたり14,300円 (税込) 参照元	とくになし
【クロネコ】ヤマトグループの決済や配送をまとめて運用できるＥＣカート 公式サイトを見る
futureshop （フューチャーショップ）	人気プランの一例 小・中規模ショップ 22,000円～(税抜) 大規模ショップ 752,000円～(税抜) サブスク（定期）利用 25,500円～(税抜)	人気プランの一例 小・中規模ショップ 31,000円～(税抜) 基本的な機能を搭載 大規模ショップ 166,000円～(税抜) 実店舗と連携したECサイト サブスク（定期）利用 40,000円～(税抜) 参照元	とくになし
７店舗に１店舗は年商１億円を突破！特にアパレル店舗の実績が高いECカート 公式サイトを見る
ショップサーブ （shopserve）	30,000円(税抜)	プラン４S（中小規模） 25,000円～(税抜) プラン４G（中規模） 65,000円～(税抜) プラン４P（大規模） 145,000円～(税抜) 参照元
【運用実績23年】Ｄ２Ｃの販売にも強い、法人用カートのレジェンド 公式サイトを見る
Xserverショップ・EC_CUBE （エックスサーバーショップ）	11,000円(税込) ※全プラン共通	ベーシック 基本機能を全搭載 1,980円(税込) スタンダード 4,950円(税込) プレミアム 9,900円(税込) 参照元
【EC CUBE】エックスサーバーが保守・サポートするクラウド版サービス 公式サイトを見る
サービス名称	初期費用	月額費用	商品登録数

STORESと連携できる会計ソフト

freeeと、売上データを自動連携できます。連携方法は、ストア設定→外部サービス連携→freee会計、より連携設定可能、初期費用、月額料金は無料（会計ソフトの料金を除く）で利用できます。

BASEと連携できる会計ソフト

freee、ＭＦクラウド会計、の２サービスは売上データを自動連携できます。いずれも、初期費用、月額料金は無料（会計ソフトの料金を除く）、BASEにApps（アプリ）を追加して利用できます。

今時店長

ネットショップを運営している方で、会計ソフトと連携をしていない方は、ぜひ挑戦してみてください。会計ソフトと連携することで、作業効率アップに加え、入力間違いなども防げます。

まとめ

ネットショップを運営およびこれから開業する方に向けて、おすすめしたいオンライン会計ソフトをご紹介しました。あとは、実際に無料体験を利用して機能面などを比較してみてください。

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