ネットショップの会計ソフトどれがいい？料金・連携を比較してオススメをご紹介

ネットショップを運営およびこれから開業する方に向けて、おすすめしたいオンライン会計ソフトをご紹介します。日々の注文や売上に関するデータを自動で連携（入力）したい方は、こちらの記事を参考にしてみてください。

ＥＣとオンライン会計ソフトの連携を比較

２つのポイント（料金・連携）を比較してみよう

無料体験などで、機能をためすまえに確認してほしいポイントは２つ。１つは料金これは言うまでもありません。もう１つはＥＣカートとの連携です、データ入力を連携して自動化することで作業効率を大幅にアップできます。

サービス名称	初期費用	月額費用	ＥＣ関連データ連携
弥生会計オンライン	0円	白色申告 ＼ずっと無料／ フリープラン：0円 ベーシックプラン：4,600円 トータルプラン：8,400円 青色申告 ＼初年度無料／ セルフ：0円 ベーシック：6,900円 トータル：12,000円 ※全て初年度の料金、税抜き価格	ネットショップ作成ツール STORES ネットショップ関連サービス Amazonビジネス、Airレジ、スマレジ、Misoca（請求書） など 参照元
クラウド申告ソフトウェアシェア第一位のサービス。白色申告は、初期費用、月額０円から利用できます。 公式サイトを見る 青色申告はこちら
ＭＦクラウド会計 （マネーフォワード）	0円	小規模事業者向け スモールビジネス：2,980円 中小企業向け ビジネス：4,980円 中堅〜上場企業向け クラウド会計プラス：お見積り ※全て年額プラン料金、税抜き価格	ネットショップ作成ツール BASE、Square、カラーミーショップ ネットショップ関連サービス 楽天市場（出店）、Amazon（出品）、Yahoo!ショッピング（出店）、Yahoo！かんたん決済（ヤフオク！等）、ラクマ、Qoo10、Stripe、PayPal など
Amazonなど、3,000以上のサービスとの連携に対応。人口知能・機械学習搭載で使うほど、賢く便利に使える。 公式サイトを見る
freee会計 （フリー）	0円	個人事業主向け スターター：980円 スタンダード：1,980円 プレミアム：3,316円 法人向け ミニマム：1,980円 ベーシック：3,980円 プロフェッショナル：39,800円 ※全て年額プラン料金、税抜き価格	ネットショップ作成ツール STORES、BASE、Square、makeshop、Shopify ネットショップ関連サービス Amazon（出品）、Yahoo!ショッピング（出店）、Stripe、ネクストエンジン など 参照元
初めてでも簡単に使える、全自動のクラウド会計ソフト。スマホ・タブレットの専用アプリも提供している。 公式サイトを見る
サービス名称	初期費用	月額費用	ＥＣ関連データ連携

完全無料で使えるサービスはどれですか？

弥生会計オンライン の白色申告（フリープラン）は、初期費用・月額ともに0円で使えるのが魅力です。開業したばかりの個人事業主や、副業レベルでネットショップを運営している方には、最も手軽な選択肢といえます。

ただし、2年目以降は有料プランが前提となるため、長期的な利用を想定する場合は注意が必要です。

連携が豊富で簡単に使えるサービスはどれですか？

マネーフォワード クラウド会計 は、ECカートや決済サービスとの連携が非常に充実しており、操作も分かりやすいのが特徴です。

BASE、Square、カラーミーショップ、Amazon、楽天市場など、主要なネットショップと自動でデータ連携できるため、売上や入金の管理をスムーズに行えます。請求書や経費精算などの関連サービスとも連携でき、ネットショップ運営を効率化したい方におすすめです。

ネトデジ編集部

いずれの会計ソフトも無料体験が可能です。実際に使ってみることで、操作感や連携のしやすさを確認し、自分に合ったサービスを見つけましょう。

主要ＥＣカートと会計ソフトの連携まとめ

ＥＣカートと連携できる会計ソフト

国内主要ＥＣカートと、公式な機能として注文や売上データなどを自動連携できる会計ソフトをまとめました。

サービス名称	初期費用	月額費用	連携可能 会計ソフト
STORES （ストアーズ）	0円	フリープラン 0円 基本機能を標準搭載 無料ではじめる スタンダードプラン ＼最初の1ヶ月無料／ 年間契約3,300円(税込) 月額契約 3,960円 (税込) 月商16.5万円以上から推奨	弥生会計オンライン freee
【総合おすすめ】無料から始めやすく、実店舗連携にも強い万能型ECカート 公式サイトを見る
BASE （ベイス）	0円	スタンダードプラン 0円 基本機能を全搭載 無料ではじめる グロースプラン 年払い16,580円(税込) 月払い 19,980円 (税込) 月商50万円以上から推奨	freee ＭＦクラウド会計
【無料で多機能】初期費用・月額0円から使える定番ECカート 公式サイトを見る
Square オンラインビジネス （スクエア）	0円	フリー 0円 基本機能を標準搭載 無料ではじめる プラス 年払い3,375円(税込) 月払い 3,780円 (税込) プレミアム 年払い9,180円(税込) 月払い 10,125円 (税込)	freee ＭＦクラウド会計 Square POSレジを介して、実店舗との在庫連携も可能。
【店舗連携】ネットショップと実店舗の在庫・売上をまとめて管理 公式サイトを見る
イージーマイショップ	無料版 0円 スタンダードプロフェッショナルカートプラン 3,300円(税込)	無料版 0円 容量：200M｜画像：50枚/品 無料ではじめる 人気 スタンダード 基本機能を全搭載 年払い3,900円(税込) 3ヶ月払い 4,230円 (税込) 容量：3GB｜画像：50枚/品 プロフェッショナル 年払い8,700円(税込) 3ヶ月払い 9,670円 (税込) 容量：50GB｜画像：50枚/品 カートプラン 外部カート 専用プラン 年払い2,900円(税込) 3ヶ月払い 3,120円 (税込) 容量：1GB｜画像：1枚/品	－
【低コスト・多機能】オーダーメイド・セット販売・外部カートに対応 公式サイトを見る
カラーミーショップ	フリープラン 0円 レギュラープランラージプラン 3,300円(税込) プレミアムプラン 22,000円(税込)	フリープラン 0円 容量:200M｜画像:4枚/商品 無料ではじめる レギュラープラン 基本機能を全搭載 4,950円(税込) ※11月1日から5,940円（税込） 容量:5G｜画像:50枚/商品 人気 ラージプラン 9,595円(税込) ※11月1日から11,000円（税込） 容量:100G｜画像:50枚/商品 プレミアムプラン 35,640円〜(税込) ※12ヶ月契約の場合 専任ECアドバイザー完備 容量:100G｜画像:50枚/商品	ＭＦクラウド会計
【自由度が高い】HTML・CSS編集やWordPress連携に対応する定番ECカート 公式サイトを見る
Shopify （ショッピファイ）	0円 ※全プラン共通 3日間無料体験可能 無料体験はこちら	人気 Basic 個人事業主向け ＼最初の3ヶ月は月150円／ 年払い3,650円 月払い 4,850円 Grow 小規模チーム向け ＼最初の3ヶ月は月150円／ 年払い10,100円 月払い 13,500円 Advanced グローバル展開に ＼最初の3ヶ月は月150円／ 年払い44,000円 月払い 58,500円 Plus 複雑なビジネス向け 年払い368,000円 ※3年契約時の料金 （契約期間：1年/3年のみ）	freee アプリストア
【海外発・人気拡大】豊富なアプリと越境ECに強い本格派ECカート 公式サイトを見る
サービス名称	初期費用	月額費用	商品登録数
makeshop （メイクショップ）	11,000円(税込) ※全プラン共通 特別20日間無料体験可能 無料体験はこちら	プレミアムプラン 基本機能を全搭載 13,750円(税込) ※1ヶ月契約の場合 6ヶ月契約：13,063円 (税込) 12ヶ月契約：12,375円 (税込) 24ヶ月契約：11,688円 (税込) エンタープライズ 55,000円～(税込) カスタマイズ対応プラン	freee 参照元
【流通総額1位】高機能で中〜大規模ショップに強いECカート 公式サイトを見る
おちゃのこネット	0円	スタートアップ 0円 商品数100点まで 無料ではじめる 人気 ベーシック 基本機能を全搭載 年払い3,960円(税込) 月払い 4,400円 (税込) アドバンスド 年払い13,200円(税込) 月払い 13,860円 (税込) ※全体容量は全プラン無制限	－
【多機能で簡単】ステップメールや細かな設定に対応するECカート 公式サイトを見る
ペライチ	0円 1ヶ月間無料体験可能 無料体験はこちら	ライトプラン 年契約1,465円(税込) 月契約 1,628円(税込) レギュラープラン 基本機能を搭載 年契約2,950円(税込) 月契約 3,278円(税込) 人気 ビジネスプラン 予約・決済・メルマガ搭載 年契約3,940円(税込) 月契約 4,378円(税込) プロフェッショナル 年契約6,910円(税込) 月契約 7,678円(税込)	－
【ページ作成に強い】LPとネット販売をまとめて作れるサービス 公式サイトを見る
ジンドゥー （Jimdo）	0円	AI ビルダー（プラン） PLAY：0円 ※広告付き 人気 個人利用に最適 START：1,290円 GROW：2,070円 クリエイター（プラン） FREE：0円 ※広告付き PRO：1,560円 人気 企業・個人事業向け BUSINESS：3,380円 SEO PLUS：5,525円 PLATINUM：6,925円 ※全て税込価格 ※全て１年契約時の料金 ※決済機能は、クリエイタープランにのみ対応しています。	－
【初心者向け】ホームページとネットショップを簡単に作成 公式サイトを見る
Wix （ウィックス）	0円	無料版 0円 ※広告付き パーソナル 1年契約1,300円(税抜) 月契約 1,900円 (税抜) スモールビジネス 個人事業主向け 1年契約2,300円(税抜) 月契約 2,700円 (税抜) 人気 ビジネス 1年契約2,700円(税抜) 月契約 3,100円 (税抜) ビジネスプライム 1年契約13,500円(税抜) 月契約 14,300円 (税抜) ※決済機能は、スモールビジネス以上にのみ対応している。	－
【デザイン自由度】本格的なサイト制作とネット販売を両立 公式サイトを見る
Cafe24 （カフェ２４）	0円	0円	－
【越境EC向け】多言語・複数ショップ運営に対応 公式サイトを見る
らくうるカート	ライト 3,300円(税込) レギュラー 5,500円(税込) アドバンス 11,000円(税込)	ライト 3,960円/年(税込) 月あたり330円 (税込) 人気 レギュラー 基本機能を全搭載 39,600円/年(税込) 月あたり3,300円 (税込) アドバンス 171,600円/年(税込) 月あたり14,300円 (税込)	－
【ヤマト連携】決済・配送をまとめて管理しやすいECカート 公式サイトを見る
futureshop （フューチャーショップ）	人気プランの一例 小・中規模ショップ 22,000円～(税抜) 大規模ショップ 752,000円～(税抜) サブスク（定期）利用 25,500円～(税抜)	人気プランの一例 小・中規模ショップ 31,000円～(税抜) 基本的な機能を搭載 大規模ショップ 166,000円～(税抜) 実店舗と連携したECサイト サブスク（定期）利用 40,000円～(税抜)	－
中〜大規模向け】アパレルや本格EC運営に強いECカート 公式サイトを見る
サービス名称	初期費用	月額費用	商品登録数

ネトデジ編集部

ネットショップを運営している方で、会計ソフトと連携をしていない方は、ぜひ挑戦してみてください。会計ソフトと連携することで、作業効率アップに加え、入力間違いなども防げます。

まとめ

ネットショップを運営およびこれから開業する方に向けて、おすすめしたいオンライン会計ソフトをご紹介しました。あとは、実際に無料体験を利用して機能面などを比較してみてください。

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最後まで読んで頂きありがとうございました。
また新しい情報などあれば更新していきます。