【2026最新】ネットショップの決済手数料を比較！最安値サービスはコレ

手数料が一番安いネットショップ（ECサイト）をお探しですか？

• ✓ 決済手数料の「相場」と「最安値」を知りたい
• ✓ 5万円売れた時の「実質コスト（手取り）」まで比較したい
• ✓ 隠れコストも含めて「損しない」サービスを選びたい

そんなニーズに応えるために、主要なネットショップ作成サービス全16社の料金・手数料を徹底調査し、実際の利益をシミュレーションしました。

表面的な料率（％）だけでなく、月額費用や振込手数料など、見落としがちなコストも網羅しています。

導入後に「手数料が高すぎて利益が出ない…」と後悔しないために、この記事からコストパフォーマンス最強のサービスを見つけてください。

はじめに

クレジットカード決済を導入する前に、まずはサービスのタイプや手数料の仕組みといった基礎知識を押さえておきましょう。

ECサイト作成サービス「2つのタイプ」とメリット

決済事業者を選べる・選べないの２種類

ネットショップ（ECサイト）作成サービスには、自分で決済代行業者を複数から選べるサービスと、選べないサービスの２種類あります。下記のように分類できます。

決済事業者	ネットショップ作成サービス
１．選べないタイプ	BASE、STORES、Square
２．選べるタイプ	makeshop、カラーミーショップ、Shopify、イージーマイショップ、おちゃのこネット

各タイプのメリット

選べないタイプのメリット（BASE・STORES・Squareなど）

選べるタイプのメリット（makeshop、カラーミー、Shopifyなど）

ネットショップ決済手数料の「相場」と下げるコツ

今回、主要16社を実際に比較・調査した結果、決済手数料の相場は「3.6%〜5%」程度でした。

売上規模に応じた手数料の交渉・優遇

大手決済代行業者の多くは、事業規模に応じて決済手数料が決定する仕組みをとっています。つまり、お店の売上が増えるほど、決済手数料を安くするような交渉も可能になります。

【2025最新】全15社ネットショップ決済手数料の比較一覧表

定番のネットショップ作成サービスのクレジットカード決済手数料を一覧表にまとめてみました。初期費用、月額費用とあわせてチェックしてみてください。

月額費用とクレジットカード決済手数料の比較一覧表

表以外にかかる費用（振込手数料など）

上記の月額費用と決済手数料以外に掛かる「隠れコスト」としては、売上金を銀行口座で受け取る際の**振込手数料（無料〜数百円程度）**が挙げられます。

上記に掲載された全てのサービスは、売上にともなうロイヤリティなどは掛かりません。つまり、表中の手数料を実質的な費用として参考にしてください。

5万円売り上げた時の「実質コスト」徹底シミュレーション

5万円を販売したときの手数料と手元に残るお金はいくら

より具体的にわかりやすいように、各ECカートで5万円をクレジットカードで販売したときに手元に残るお金（実質利益）を試算してみました。

STORESのフリープランで5万円売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※入金額が１万円未満の場合には、追加で事務手数料が275円かかります。

STORESのスタンダードプランで5万円売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※入金額が１万円未満の場合には、追加で事務手数料が275円かかります。

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BASEのスタンダードプランで5万円（客単価：5,000円）売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※入金額が2万円未満の場合には、追加で事務手数料が500円かかります。

BASEのグロースプランで5万円売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※入金額が2万円未満の場合には、追加で事務手数料が500円かかります。

Pay IDアプリで5万円（客単価：5,000円）売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※入金額が2万円未満の場合には、追加で事務手数料が500円かかります。
※2025年7月1日までは、BASEプランの手数料が適用されます。

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Squareオンラインビジネスのフリープランで5万円売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※Squareオンラインビジネスでは、売上金額に関わらず振込手数料は無料です。

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イージーマイショップの無料プランで5万円（客単価：5,000円）売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※月２回精算オプションを利用している場合には、別途月２回精算手数料2,200円がかかります。

イージーマイショップの有料プランで5万円（客単価：5,000円）売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※月２回精算オプションを利用している場合には、別途月２回精算手数料2,200円がかかります。

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カラーミーショップのフリープランで5万円（客単価：5,000円）売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※カラーミーペイメントの振込手数料は加盟店負担となります。決済手数料は税抜きの金額で計算し、別途消費税分を加算して差し引いています。

カラーミーショップのレギュラープラン（個人・法人）で5万円売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※カラーミーペイメントの振込手数料は加盟店負担となります。決済手数料は税抜きの金額で計算し、別途消費税分を加算して差し引いています。

カラーミーショップのラージプラン（個人・法人）で5万円売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※カラーミーペイメントの振込手数料は加盟店負担となります。決済手数料は税抜きの金額で計算し、別途消費税分を加算して差し引いています。

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Shopifyのベーシックプランで5万円売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※Shopifyペイメントを利用した場合、振込手数料は無料です。ただし、Shopifyペイメント以外の外部決済を利用した場合は、取引手数料が加算されます。

Shopifyのスタンダードプランで5万円売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※Shopifyペイメントを利用した場合、振込手数料は無料です。ただし、Shopifyペイメント以外の外部決済を利用した場合は、取引手数料が加算されます。

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makeshopのプレミアムプランで5万円売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※makeshopのプレミアムプランでは、振込手数料は加盟店負担となります。決済手数料は税抜きの金額で計算し、別途消費税分を加算して差し引いています。

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おちゃのこネットのスタートアッププランで5万円（客単価：5,000円）売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※おちゃのこネットのスタートアッププランでは、振込手数料は加盟店負担となります。決済手数料は売上金額に対する料率のみで計算され、別途消費税分を加算して差し引いています。

おちゃのこネットのベーシックプランで5万円売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※おちゃのこネットのベーシックプランで「おちゃのこネット専用決済（ゼウス）」を利用する場合、振込手数料は加盟店負担となります。早期入金サービスを利用する場合は、別途手数料がかかります。

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ペライチのライトプランで5万円（客単価：5,000円）売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※ペライチのライトプランでは、VISA、Mastercardの場合、決済手数料は6.0%が発生します。振込手数料は一律350円がかかります。

レギュラープラン以上の手数料

※ペライチのレギュラープラン以上では、VISA、Mastercardの場合、決済手数料は4.5%が発生します。振込手数料は一律350円がかかります。

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ジンドゥーのFREEプランで5万円（客単価：5,000円）売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※ジンドゥーのFREEプランでは、PayPalのみ利用可能で、決済手数料は1件ごとに3.6%+40円が発生します。振込手数料は5万円未満の場合250円、5万円以上は無料です。

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Wixのスモールビジネスプラン以上（Stripe）の場合の5万円売り上げ時の手数料（計算式）

※Wixでは、Stripe、または、Squareを利用した場合、スモールビジネスプラン以上なら決済手数料は3.6%、振込手数料は無料です。

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Cafe24で5万円（客単価：5,000円）売り上げたときにかかる合計手数料（計算式）

※Cafe24でも、PayPalを利用した場合、決済手数料は1件ごとに3.6%+40円が発生します。振込手数料は5万円未満の場合250円、5万円以上は無料です。

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結論：手数料が最安値のおすすめサービス

上項目のシミュレーション結果を踏まえて、決済手数料の安いおすすめサービスを紹介します。

決済手数料が最安値のサービスはどれですか？

月額無料（0円）で使えるサービスでは、Squareオンライビジネス、月額有料を含めたサービスでは、BASEの2.9%が最安値となります。

ただし、BASEのグロースプランは月額19,980円の固定費がかかるため、必ずお得とは限りません。公式によると、月商300万円以上ある店舗であれば、全ECカートと比較しても最安値になります。

低コストで運営できる推奨サービス

無料版は、決済手数料「5.5%」、有料版は「3.6%」とバランスがいいです。月額費用も2,980円（年払い）なので、全体的に低コストという印象です。

2024年より中規模サイト向けサービスの値下げが進んでいる

2024年、中規模向けのネットショップサービス「カラーミーショップ」と「おちゃのこネット」の有料プランにおいて、メイン決済となる2つのサービスの決済手数料が5%台から3%台に値下げされました。

これは競合サービスの増加により、値下げ競争が進んでいると考えられます。ただし、注意点として、契約時点の手数料が適用される場合があります。原則的には、既存店舗の手数料は据え置きとなるケースがほとんどです。

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まとめ

本記事では、主要なネットショップ作成サービスのクレジットカード決済手数料を比較し、各サービスの特徴を解説しました。

月額無料プランではSquare オンラインビジネスの3.6%、有料プランではBASEの2.9%が最安値でしたが、一概にお得とは言えません。

総合的なコストパフォーマンスの高さでは、STORESがおすすめです。

ただし、カラーミーショップやmakeshopのように決済代行会社を自由に選べるサービスなら、さらに有利な手数料率の可能性もあります。

ネットショップ作成サービス選びでは、機能や使い勝手とともに、決済手数料もしっかりチェックしましょう。

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最後まで読んで頂きありがとうございました。
また新しい情報などあれば更新していきます。